1 . در دو مورد علامه مجلسى « تمايل » به مسئله تحريف قرآن نشان مىدهد كه علامه طباطبائى ، به حق از عدم تحريف قرآن حمايت مىكند ( ج 1 ، ص 135 و ج 2 ، ص 104 ) . 2 . تعليقات متعدد ، درباره بحث‌هاى توحيدى : مراتب توحيد ( تعليقه ج 2 ، ص 185 ) ، براهين توحيد ( ج 3 ، ص 62 ) ، معناى توحيد ( ج 3 ، ص 209 ) ، كيفيت تقدم خداوند بر خلق ( ج 4 ، ص 302 ) ، عينيت صفات با ذات مقدس ( ج 4 ، ص 62 و 86 ) ، اسم بودن اسماى الهى ( ج 3 ، ص 143 و ج 4 ، ص 167 ) ، رؤيت و لقاى خداوند ( ج 4 ، ص 137 ) و شايد مفصل‌ترين تعليقه علامه طباطبائى تعليقه‌اى است كه بر بحث « اراده » در ( ج 5 ، ص 111 ) دارد . مسئله بداء ( ج 4 ، ص 131 ) . علامه مجلسى معتقد است كه : « انسان خالق اعراض » است و علامه طباطبائى به شدت آن را رد مىكند ( ج 4 ، ص 148 ) . 3 . معناى خواب وبيدارى نسبت به قيامت ( ج 2 ، ص 52 و ج 6 ، ص 280 ) . 4 . معناى ترديد ائمه عليهم السلام ( ج 2 ، ص 174 ، 176 و 177 ) . 5 . حجيت عقل ( ج 2 ، ص 314 ) . 6 . ورود اهل سنت به بهشت ( ج 3 ، ص 8 ) . 7 . كيفيت شكل‌گيرى لغات و واضع لغت و تعيّنى نه تعيينى بودن « وضع » ( ج 3 ، ص 82 ) . 8 . عدم تشابه در افراد انسان و حيوان ( ج 3 ، ص 87 ) . 9 . تفاوت بين ادراك كليات با فكر و انديشه ( ج 3 ، ص 110 ) . 10 . تجرد نفس ( ج 3 ، 151 ) . 11 . تأثير نجوم در حوادث زمينى ( ج 3 ، ص 180 ) . 12 . حُجُب ( حجاب‌ها ) ( ج 3 ، ص 327 ) . 13 . تفسير « أمر بين‌الأمرين » ( ج 5 ، ص 18 و 83 ) .